洗浄細胞は単独アミノ酸を使わずペプチドを利用。Glu-Gluは酪酸・プロピオン酸・酢酸・アンモニア、Asp-Aspは酪酸・コハク酸・酢酸・アンモニアを生成した。酵素検出と炭素収支から、ジペプチドはジペプチダーゼで加水分解され、脱アミノ化や酸化／還元反応を経てスクシニル-CoAやアセチル-CoAに至り、最終的に酪酸・プロピオン酸・酢酸が生じるという代謝経路が提案された（in vitro、提案段階）。

P. gingivalisやF. nucleatumの培養濾液（酪酸21–36 mM）はTHP‑1およびU937単球/マクロファージ系細胞株で強くアポトーシスを誘導し、Prevotella種の濾液は誘導せず、歯肉線維芽細胞や口腔上皮細胞は抵抗性だった。これらから酪酸が免疫調節細胞を損なう可能性が示唆され、慢性歯周炎に関与し得るが、培養系での結果であり慎重な解釈が必要である。

酪酸を処理するとヒト歯肉線維芽細胞の生存数が減少し、4–16 mMでG0/G1およびG2/Mの細胞周期停止が起きた。顕著なアポトーシスは見られず、cdc2・cdc25C・cyclinB1のmRNAとタンパクが減少し、ROS産生増加と関連していた。これらは病原菌由来酪酸が歯周病に関与する可能性を示唆するが、in vitroの結果にとどまる。

培養HGFに長期酪酸曝露を行うと、サイクリンmRNA変化に伴う増殖抑制（細胞周期停止）とアポトーシスが誘導された。アポトーシスはまず内部経路（カスパーゼ9活性化、DNA損傷やp53活性化はみられず）で起こり、酪酸はTNF-αのmRNA・蛋白を増やしてTNF-αが外因性経路（カスパーゼ8）を介し追加のアポトーシスと炎症性サイトカイン産生を促した。著者は酪酸を細胞死・炎症促進物質と結論付けているが、本結果はin vitroに基づく。

歯肉注射したLPSや酪酸はマウスの運動持続性（高い習熟スコア）を示し、LPSは海馬でのIL‑6・BDNF mRNA低下やNTRK2増加、血中・脳の酢酸上昇、脳内アセチルコリン増、大気中（血漿）でのMCP‑1低下などを伴った。肝・脳の組織学的異常は認められず、著者はLPSと酪酸が異常行動の誘発・悪化に関与する可能性を示唆している。

P. gingivalisの培養上清中の小分子成分が好中球を選択的に誘引し、その一部は短鎖脂肪酸（SCFA）でFFAR2受容体を介して作用した。単球など他の白血球はSCFAに応答せず、プロテアーゼを用いる代謝により歯周ポケットへの好中球惹起が起こり得ることを示唆するが、上清解析が中心でin vivoでの寄与や他因子の役割は明確でない。

P. gingivalis投与マウスは脂肪量増加と耐糖能悪化、脂肪組織炎症と腸管透過性亢進を示した。腸内細菌叢の構成・機能と血清代謝物（トリプトファン代謝やコリン代謝に関連するもの）が変化し、細菌叢と代謝物に強い相関が認められた。これら微生物由来代謝物は代謝症候群の新たな治療標的になり得る可能性が示唆されるが、マウス実験であり因果関係やヒトでの再現は未確定である。

P. gingivalisやF. nucleatumの培養上清とそれを模したSCFA混合物は、マウス由来Raw264.7細胞のLPS誘導iNOSを抑制し、RANKL誘導のTRAP陽性細胞数とMC3T3‑E1の石灰化を抑えた。著者はSCFAが炎症応答を低下させ歯槽壁の鉱化に影響すると示唆するが、すべて培養系の結果である点に注意が必要。

唾液中のイソバレリック酸は歯肉炎・歯周炎患者で高く、ラットへの局所注射やヒト歯周靭帯幹細胞処理で歯周組織損傷と骨吸収を悪化させた。イソバレリック酸はNF-κBを介してゼラチナーゼの発現と活性を増加させ、NF-κB抑制によりその増加は抑えられたと報告されている。

Porphyromonas gingivalis、Prevotella loescheii、Fusobacterium nucleatumの培養濾液から抽出した揮発性短鎖脂肪酸（酪酸、プロピオン酸、バレリック酸、イソバレリック酸）は、Con AやLPSで誘導されるマウスのT・B細胞増殖を濃度依存的に抑制し、Con A刺激下の脾T細胞におけるIL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10の産生も低下させた。ガスクロマトグラフィーは菌種ごとに主要な抑制成分が異なることを示唆している。

組換えHA2ドメインはヘミンに高親和性で結合（Kd=16 nM）、鉄非存在プロトポルフィリンIXは結合を抑制（Ki=2.5 μM）。ヘモグロビン結合も高親和性（Kd=2.1 nM）でPPIXにより阻害（Ki=10 μM）され、プロトポルフィン側鎖の修飾で結合は消失した。P. gingivalis培養でもHA2関連のヘモグロビン結合活性が発現・放出され、これら酵素がヘム結合能を持つことを示すが、生体内でのヘム獲得や病原性への直接的影響は示されていない。

HmuSPgは6つのドメインと推定ヘム結合部位を持ち、in vitroでヘムを結合し、NADHや細胞内膜画分でヘム代謝への関与が促される。hmuSPg欠損株は細胞内および表面色素（PPIX）減少、バイオフィルム低下、ヘム取り込み・恒常性関連遺伝子の発現変化を示し、ヘム由来の鉄放出に関与する可能性が示唆される。ただし証拠は主にin vitro実験と欠失株の表現型に基づく。