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Porphyromonas gingivalisの代謝
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Participation of the secreted dipeptidyl and tripeptidyl aminopeptidases in asaccharolytic growth of Porphyromonas gingivalis.
PMID
19076991
スタディーの内容
P. gingivalisの分泌性ジペプチジル／トリペプチジルアミノペプチダーゼが、アサッカロリック増殖で果たす役割を遺伝子欠損で検討した
アブストの内容
単独・二重欠損株は複合培地や最小培地(GA)で野生株と同程度に増殖したが、三重欠損株はGAで増殖が低下した。欠損株に精製した3酵素を加えると増殖が回復し、これら酵素がペプチドを短鎖化してP. gingivalisのエネルギー供給に寄与することが示唆された。
選ばれた理由
論文の結果は、DPPIV, DPP-7, PTP-AがP. gingivalisの正常成長に寄与し、短いペプチドをエネルギー源とする点で仮説を直接支持しています。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
escherichia, porphyromonas
escherichia coli, porphyromonas gingivalis
Asp- and Glu-specific novel dipeptidyl peptidase 11 of Porphyromonas gingivalis ensures utilization of proteinaceous energy sources.
PMID
21896480
スタディーの内容
歯周病原菌Porphyromonas属の新規ジペプチジルペプチダーゼDPP11の遺伝子と酵素特性をクローニングと欠損解析で調べた。
アブストの内容
P. endodontalisからDPP11を単離・解析し、P. gingivalisにも相同遺伝子を同定。DPP11は第2位がAsp/Gluのオリゴペプチドからジペプチドを特異的に切断し、最適pH7、セリン残基の置換で活性を失い塩濃度で活性低下。P. gingivalisでの遺伝子欠損は増殖遅延を示し、酸性残基を好むDPP11が蛋白質源の分解に寄与すると示唆される。
選ばれた理由
論文はPorphyromonas gingivalisのDPP11酵素がオリゴペプチドから二肽と三肽を効率的に分解し、酸性アミノ酸を好むことを示しています。これは仮説に沿って、この菌がペプチドとオリゴペプチドを主な炭素源として利用することを支持します。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
bacteroides, parabacteroides, porphyromonas
porphyromonas endodontalis, porphyromonas gingivalis
Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis.
PMID
32393857
スタディーの内容
歯周病菌P. gingivalisが外来ペプチドを取り込む輸送体RagABの構造と機能をX線・クライオEM等で解析
アブストの内容
RagABが外膜のオリゴペプチド輸入体であることを示した。X線結晶で二量体RagA2B2を、クライオEMでRagBの蓋の開閉を確認し「ペダルビン」様の取り込み機構を支持する。変異解析や結合解析、ペプチドプロテオミクスから、選択的かつ動的なペプチド取得装置でありタンパク質由来栄養の効率的利用に必須と結論付けている。主に構造・生化学的証拠に基づく点に留意。
選ばれた理由
論文はRagABトランスポーターがオリゴペプチドの取り込みに重要であることを示しており、これはポルフィロモン・ギンガリスがペプチドとオリゴペプチドを主な炭素源とエネルギー源として利用することに関連しています。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
porphyromonas
porphyromonas gingivalis
Metabolic pathways for cytotoxic end product formation from glutamate- and aspartate-containing peptides by Porphyromonas gingivalis.
PMID
10940008
スタディーの内容
P. gingivalisの洗浄細胞がグルタミン酸・アスパラギン酸含有ペプチドを代謝し、毒性末端産物を形成する代謝経路を検討した
アブストの内容
洗浄細胞は単独アミノ酸を使わずペプチドを利用。Glu-Gluは酪酸・プロピオン酸・酢酸・アンモニア、Asp-Aspは酪酸・コハク酸・酢酸・アンモニアを生成した。酵素検出と炭素収支から、ジペプチドはジペプチダーゼで加水分解され、脱アミノ化や酸化／還元反応を経てスクシニル-CoAやアセチル-CoAに至り、最終的に酪酸・プロピオン酸・酢酸が生じるという代謝経路が提案された（in vitro、提案段階）。
選ばれた理由
論文のアブストラクトは、特定のアミノ酸（グルタミン酸とアスパルテート）が含有されるペプチドからポルフィロマonas gingivalisによって代謝され、その結果、但ryn酸やプロピオン酸などの毒性末端製品が形成されることを示しています。これは仮説に直接一致します。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
porphyromonas
porphyromonas gingivalis
Metabolic network model of a human oral pathogen.
PMID
18931137
スタディーの内容
口腔病原菌Porphyromonas gingivalisの全ゲノム尺度代謝ネットワークを構築・解析した計算研究（反応数679）
アブストの内容
ゲノムやデータベースを統合して679反応を含むストイキオメトリックモデルを作成。フラックスバランス解析でアミノ酸優先性や細胞毒性副産物の分泌を再現し、反応ノックアウト解析でリポ多糖合成経路の8件の候補薬剤標的を提示（うち1件は実験で確認）。ただし結果は主に計算予測で、実験的検証は限定的。
選ばれた理由
論文のアブストラクトは、Porphyromonas gingivalis の代謝ネットワークモデルについて述べており、特定のアミノ酸（アミノ酸-rich medium）による成長能力がモデルで再現されていることが示されています。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
porphyromonas
porphyromonas gingivalis
Asp- and Glu-specific novel dipeptidyl peptidase 11 of Porphyromonas gingivalis ensures utilization of proteinaceous energy sources.
PMID
21896480
スタディーの内容
歯周病原菌Porphyromonas属の新規ジペプチジルペプチダーゼDPP11の遺伝子と酵素特性をクローニングと欠損解析で調べた。
アブストの内容
P. endodontalisからDPP11を単離・解析し、P. gingivalisにも相同遺伝子を同定。DPP11は第2位がAsp/Gluのオリゴペプチドからジペプチドを特異的に切断し、最適pH7、セリン残基の置換で活性を失い塩濃度で活性低下。P. gingivalisでの遺伝子欠損は増殖遅延を示し、酸性残基を好むDPP11が蛋白質源の分解に寄与すると示唆される。
選ばれた理由
論文はアスパラギン酸（Asp）とグルタミン酸（Glu）を特定の二肽デペプチダーゼ11が利用するという具体的な仮説を支持しています。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
bacteroides, parabacteroides, porphyromonas
porphyromonas endodontalis, porphyromonas gingivalis
Glutamate is a key nutrient for Porphyromonas gingivalis growth and survival during intracellular autophagic life under nutritionally limited conditions.
PMID
39026746
スタディーの内容
ヒト歯肉上皮細胞内の自食性小胞でのP. gingivalisによるグルタミン酸利用とGdhAの役割 を調べた。
アブストの内容
P. gingivalisは宿主細胞内の自食性小胞でGdhA（グルタミン酸脱水素酵素）を濃縮し、細胞内のグルタミンをグルタミン酸へ変換することを伴ってグルタミン酸（特にGlu-Gluジペプチド）を取り込み増殖・小胞拡大を促した。GdhA欠損株は増殖不全と小胞崩壊を示し、栄養減少培地やヒト歯肉模倣オルガノイドでもグルタミン酸依存性が示唆された。ただし評価は細胞培養・オルガノイド系に限られ、体内での一般性や詳細な代謝経路の特定はさらに検討が必要である。
選ばれた理由
論文のアブストラクトは、グルタミン酸（Glutamate）がポルフィロモン・ギンガリス（Porphyromonas gingivalis）の増殖と生存に重要な栄養源であることを明確に示しています。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
porphyromonas
porphyromonas gingivalis
Metabolic pathways for cytotoxic end product formation from glutamate- and aspartate-containing peptides by Porphyromonas gingivalis.
PMID
10940008
スタディーの内容
P. gingivalisの洗浄細胞がグルタミン酸・アスパラギン酸含有ペプチドを代謝し、毒性末端産物を形成する代謝経路を検討した
アブストの内容
洗浄細胞は単独アミノ酸を使わずペプチドを利用。Glu-Gluは酪酸・プロピオン酸・酢酸・アンモニア、Asp-Aspは酪酸・コハク酸・酢酸・アンモニアを生成した。酵素検出と炭素収支から、ジペプチドはジペプチダーゼで加水分解され、脱アミノ化や酸化／還元反応を経てスクシニル-CoAやアセチル-CoAに至り、最終的に酪酸・プロピオン酸・酢酸が生じるという代謝経路が提案され た（in vitro、提案段階）。
選ばれた理由
論文はペプチドの代謝経路を詳しく説明しており、グルタミン酸やアスパラギン酸が分解され、酢酸、ブチル酸、プロピオン酸、アンモニアなどの副産物が生成されることを示しています。これらの副産物は宿主組織環境と炎症反応に影響を与える可能性があるという仮説を直接支持します。
関係する細菌（属レベル）
関係する細菌（種レベル）
porphyromonas
porphyromonas gingivalis