Bestatinで標的を探したがメタロアミノペプチダーゼ活性は検出されず、P. gingivalisのアミノペプチダーゼ活性はBestatin非感受性でN末端アルギニン・リジン特異的だった。クラス特異阻害剤とジンギパイン欠損株解析から、この活性はジンギパイン（Rgpはヒトアミノペプチダーゼに近い動態、Kgpは弱め）に由来すると示され、タンパク質・ペプチド分解における新たな役割が示唆された。ただし条件や数値の詳細、Bestatinによる増殖抑制の標的はAbstractで明示されていない。

Tprは55 kDaの不活性前駆体がN末端で順次切断され48/37/33 kDaの活性形態になり、これらは細菌の外膜に局在。自己切断と酵素活性は>1 mMのCa2+を必要とし、Ca2+はTprの構造安定化とジンギパインによる分解からの保護をもたらした。これらの性質から、TprはP. gingivalisのペプチド代謝や抗菌ペプチド・補体成分の分解を介する病原因子になり得ると示唆される。

ジンギパイン（RgpA/RgpB、Kgp）はP. gingivalisの主要システインプロテアーゼで、歯周組織の分解、宿主防御の破綻、線維芽細胞や内皮細胞の生存低下に関与するとされる。さらに菌のアミノ酸・ヘム獲得や線毛などの蛋白処理を通じ、血球凝集・共集落・ヘモグロビン結合にも寄与する。抽象は主に解析法の記述で、定量的データや実験系の詳細が示されておらず、因果関係や臨床的一般化には注意が必要。

PGN_0725、PGN_1341、PGN_1888の3つのCoA転移酵素がP. gingivalisの短鎖脂肪酸生成に関与することを示した。PGN_0725は酢酸存在下でブチリル‑CoAを優先、PGN_1888はプロピオニル‑CoAを優先し、PGN_1341はブチリル‑CoA:酢酸活性のみを示す。これらの反応は三者複合体機構に従い、欠損解析で各酵素がそれぞれブチレート・プロピオン酸の主要因子とされたが、三重欠損でも微量産生が残り他の酵素の存在が示唆された。変異株は増殖が遅い傾向を示した。

P. gingivalisの培養上清中の小分子成分が好中球を選択的に誘引し、その一部は短鎖脂肪酸（SCFA）でFFAR2受容体を介して作用した。単球など他の白血球はSCFAに応答せず、プロテアーゼを用いる代謝により歯周ポケットへの好中球惹起が起こり得ることを示唆するが、上清解析が中心でin vivoでの寄与や他因子の役割は明確でない。

P. gingivalisやF. nucleatumの培養上清とそれを模したSCFA混合物は、マウス由来Raw264.7細胞のLPS誘導iNOSを抑制し、RANKL誘導のTRAP陽性細胞数とMC3T3‑E1の石灰化を抑えた。著者はSCFAが炎症応答を低下させ歯槽壁の鉱化に影響すると示唆するが、すべて培養系の結果である点に注意が必要。

ヘム制限により160遺伝子・70タンパク質の発現が変化し、アスパラギン酸・グルタミン酸分解酵素の変動と培養液の有機酸変化から、効率的な嫌気呼吸からより非効率な代謝へシフトした。PG1374の量が増え、挿入変異解析で上皮細胞侵入に関与することが示された。侵入関連、酸化ストレス応答、鉄／ヘム輸送や病原性に関連する転写・蛋白も増加し、ヘム量に応じた広範な応答を示す（in vitro連続培養での観察）。

鉄欠乏では鉄獲得や宿主への付着・侵入関連遺伝子が上昇し、鉄貯蔵やエネルギー代謝・電子伝達関連は低下。ヘミン欠乏は代謝影響に加え酸化ストレス防御やLPS合成にも変化を与え、一部はヘミン由来鉄で説明されるがヘミン特異の調節も存在。想定されるFur欠失は影響を示さず調節機構は未解明。機能試験では鉄制限菌が宿主細胞の生存を高め、PG1019-20欠失で菌の宿主共培養下生存が低下した。

A7436はATCC 33277よりヘム・鉄制限への発現変化が大きく、特に仮想タンパク質、エネルギー代謝、輸送結合タンパク質群で変動が目立った。ゲノム配列の違いが菌株間変異をもたらし、鉄・ヘム取得系（主にHmu系）や細胞内鉄貯蔵能の差が菌株の表現型や毒性に影響する可能性が示唆された。ヘモグロビン濃度も菌株ごとに毒性に影響することが観察され、鉄・ヘム恒常性が菌株間の多様性に寄与すると結論付けている。

HemHはヘムとプロトポルフィリンIX（PPIX）を結合し、PPIXへ鉄またはマンガンを挿入できる。hemH欠損はヘム飢餓応答としてヘム取り込み系や病原因子関連遺伝子を転写活性化し、ヘム豊富時に発現する輸送・表面蛋白を抑制した。これらからHemHはヘム恒常性維持に寄与し、ヘム制限環境で細胞内のPPIXと金属を用いてヘム合成に関わる可能性が示唆される。

HmuSPgは6つのドメインと推定ヘム結合部位を持ち、in vitroでヘムを結合し、NADHや細胞内膜画分でヘム代謝への関与が促される。hmuSPg欠損株は細胞内および表面色素（PPIX）減少、バイオフィルム低下、ヘム取り込み・恒常性関連遺伝子の発現変化を示し、ヘム由来の鉄放出に関与する可能性が示唆される。ただし証拠は主にin vitro実験と欠失株の表現型に基づく。